POLR2E基因rs3787016多态性位点与癌症易感性的荟萃分析任务书

 2021-11-14 21:03:59

1. 毕业设计(论文)主要内容:

长非编码 RNA(LncRNA)是一种新型调控性非编码 RNA,参与肿瘤的发生和肿瘤的进展。rs3787016 位点位于 LncRNA POLR2E 基因的第四内含子中,该基因编码 RNA 聚合酶 II 亚基并负责合成 mRNA。前期研究显示POLR2E基因 rs3787016 位点与前列腺癌、食管癌、乳头状甲状腺癌、乳腺癌和宫颈癌的易感性显著相关,表明 rs3787016 位点可能影响个体癌症发生的遗传易感性。同时有研究结果显示POLR2E基因 rs3787016 位点与肝癌和肺癌的发生不相关,这些不一致的研究结果显示单个关联对照研究仍存在不足之处,如样本量小导致的统计力度不强等,因此本研究拟对POLR2E基因的rs3787016位点和癌症易感性进行荟萃分析,为将来POLR2E基因与癌症发生风险的进一步研究提供线索和方向,有利于更有针对性的对特定癌症展开深入研究。

2. 毕业设计(论文)主要任务及要求

  1. 查阅与本研究相关的中英文文献,完成开题报告;

  2. 在NCBI,SNP info等数据库中搜索查找POLR2E基因的rs3787016位点的相关信息和不同种群中的分布频率和利用生物信息网站预测其可能存在的功能。

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    3. 毕业设计(论文)完成任务的计划与安排

    第1周:调研阅读文献,准备开题;

    第2-4周:完成开题报告,熟悉和掌握本课题所涉及到的生物信息学网站的基本情况和使用方法;

    第5-13周:检索和下载POLR2E基因的rs3787016位点与癌症相关性研究的文献。运用EndNote文献管理器管理文献,提取各研究中rs3787016位点的分型数据,汇总后运用stata软件进行荟萃分析。

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    4. 主要参考文献

    [1] F. Bray, J. Ferlay, I. Soerjomataram, R.L. Siegel, L.A. Torre, A.Jemal, Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortalityworldwide for 36 cancers in 185 countries, CA Cancer J Clin, 68 (2018) 394-424.

    [2] W. Chen, R. Zheng, P.D. Baade, S. Zhang, H. Zeng, F. Bray, A. Jemal,X.Q. Yu, J. He, Cancer statistics in China, 2015, CA Cancer J Clin, 66 (2016)115-132.

    [3] B.S. Shastry, SNPs: impact on gene function and phenotype, Methods MolBiol,578 (2009) 3-22.

    [4] H. Tan, The association between gene SNPs and cancer predisposition:Correlation or causality?, EBioMedicine, 16 (2017) 8-9.

    [5] J.S. Mattick, The functional genomics of noncoding RNA, Science, 309(2005)1527-1528.

    [6] V.A. Moran, R.J. Perera, A.M. Khalil, Emerging functional andmechanistic paradigms of mammalian long non-coding RNAs, Nucleic Acids Res, 40(2012)6391-6400.

    [7] G. Jin, J. Sun, S.D. Isaacs, K.E. Wiley, S.T. Kim, L.W. Chu, Z. Zhang,H. Zhao, S.L. Zheng, W.B. Isaacs, J. Xu, Human polymorphisms at long non-codingRNAs (lncRNAs) and association with prostate cancer risk, Carcinogenesis, 32(2011)1655-1659.

    [8] D.L. Cao, C.Y. Gu, Y. Zhu, B. Dai, H.L. Zhang, G.H. Shi, Y.J. Shen,Y.P. Zhu, C.G. Ma, W.J. Xiao, X.J. Qin, G.W. Lin, D.W. Ye, Polymorphisms atlong non-coding RNAs and prostate cancer risk in an eastern Chinese population,Prostate Cancer Prostatic Dis, 17 (2014) 315-319.

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