基于生物信息学大数据挖掘半乳糖醇合成特异性木糖还原酶任务书

 2022-01-27 15:17:29

全文总字数:1805字

1. 毕业设计(论文)的内容和要求

1、文献查阅:掌握中国期刊网、维普数据网、超星数字图书馆、Elsevier电子期刊等网站,学会对目标文献的精确查找,查阅与生物信息大数据挖掘酶相关的文献。

2、文献阅读:所使用的文献多为中文和英文文献,提升在文献中快速查找目标内容的能力,同时提高对英文文献阅读的能力,学习和借鉴已有的生物信息挖掘方式。

3、课题规划:明确本课题的目的,合理规划时间安排,在规定的时间内有精确的目标规划,确保课题能够在规定时间内完成。

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2. 实验内容和要求

本课题以现有生物信息大数据的数据库为基础,在已知具有稀有糖合成相关氧化还原酶活性的蛋白为模板,通过序列比对,聚类分析以及可溶性表达预测,筛选具有新催化活性的稀有糖合成酶。

需要解决的问题:1、通过学习已有文献中生物信息大数据的挖掘方法中总结出合理的信息挖掘途径2、根据已有的蛋白质筛选出的具有相似的基因片段的酶中筛选出符合预期目标的酶3、掌握对生物信息存储和处理的相关网站、软件的使用方法拟采用的研究手段:1、查找有关生物信息大数据挖掘相关的文献,学习、了解、总结已有的信息挖掘途径的基础上总结出适合本课题的生物信息大数据的挖掘方式。

2、学习使用NCBI的blast功能以及相关软件的分析功能,对具有相似的蛋白质片段的酶以及该种酶的特性,所存在的生物体等相关信息进行筛选3、筛选完毕后,对目标酶进行表达与转化,合成目标稀有糖,并归纳总结。

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3. 参考文献

[1] 李祥,贾园园,张闪,王红艳,刘先吏,罗湘艳,唐存多.基于基因组挖掘技术的新型谷氨酸脱羧酶的基因挖掘及表达鉴定[J].食品科学:1-17

[2] 蔡海莺,王珍珍,张婷,赵敏洁,李杨,毛建卫,冯凤琴.微生物脂肪酶资源挖掘研究进展[J].食品科学,2018,39(07):329-337.

[3] 周曼. 新颖木质纤维素降解酶的宏基因组学挖掘及其在纤维二糖酸生产中的作用[D].西北农林科技大学,2020.

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4. 毕业设计(论文)计划

2020.12-2021.2文献查阅,完成开题报告,熟悉信息挖掘相关的网站和软件2021.3-2021.4 对稀有糖合成相关氧化还原酶进行挖掘2021.4-2021.5 对挖掘到的酶进行表达与底物转化验证2021.5-2021.6 整理数据,完善毕业设计论文

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