聚酮类天然产物的抗性基因库构建及其应用研究任务书

 2022-01-29 18:59:02

全文总字数：1038字

1. 毕业设计（论文）的内容和要求

1. 熟悉抗性基因文献，总结作用机制。

2. 收集mibig库中的聚酮类天然产物抗性基因3. 收集card库中的抗性基因，表征抗性机制4. 构建抗性基因库，应用所构建的数据库对若干基因组进行聚酮类基因簇筛查分析。

2. 实验内容和要求

1. 使用vmd等结构可视化工具分析抗性作用机制。

2. 构建(聚酮类相关)抗性基因blast数据库3. 分析若干海洋微生物基因组（比如marref数据库），对其中的特定基因簇类型根据抗性基因类型进行表征、评估。

3. 参考文献

1. Berdy J. Bioactive microbial metabolites. J Antibiot 2005;58:1-26.2. BERDY J. Thoughts and facts about antibiotics: where we are now and where we are heading[J]. Journal of Antibiotics，2012， 65(8):385-395. 3. Stokes JM, e t c., Collins JJ. A Deep Learning Approach to Antibiotic Discovery. Cell. 2020 180(4):688-702.e13.4. Cummings, M., R. Breitling, and E. Takano, Steps towards the synthetic biology of polyketide biosynthesis. FEMS Microbiol Lett, 2014. 351(2): p. 116-25.5. Klemetsen, T., et al., The MAR databases: development and implementation of databases specific for marine metagenomics. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1): p. D692-D699.

4. 毕业设计（论文）计划

2月中旬-3月中旬：文献检索、数据准备3月中旬--5月中旬：数据库构建，建模、应用分析。

5月中旬--六月上旬：论文写作

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