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1. 毕业设计（论文）的内容和要求
1. 用可视化软件表征（类）神经酰胺分子与蛋白（或RNA链）作用模式。
2. 根据已知（或预设）互作模式，用rosetta设计多肽链、RNA链。
3. 用对接软件vina （或rosetta docking) 评估神经酰胺分子与多肽链、RNA链的结合力；使用动力学模拟软件表征该过程。
2. 实验内容和要求
1. 能够使用vmd 等可视化程序表征生物分子互作原理。
2. 通过学习教程，学会使用rosetta等 多肽 设计工具。
3. 产生若干（～20）候选肽/RNA链集，并根据链上物化特征进行分类/聚类。
3. 参考文献
1. Buccoliero R，Futerman AH. The roles of ceramide and complex sphingolipids in neuronal cell function. Pharmacological Research， 2 0 0 3 ，4 7 ( 5 ) : 4 0 9 - 4 1 92. 邓同兴,王志新,王敏丽,等.神经酰胺与神经细胞增殖[J].医学研究杂志,2011,40(7): 13-163. 罗磊. 神经酰胺在外源化学物诱导线粒体依赖性细胞凋亡中的 作用[J].卫生研究,2014,43(6): 1031-1037 4. Watkins, A.M., R. Rangan, and R. Das, FARFAR2: Improved De Novo Rosetta Prediction of Complex Global RNA Folds. Structure, 2020. 28(8): p. 963-976 e6.5. Khoshbin, Z. and M.R. Housaindokht, Computer-Aided aptamer design for sulfadimethoxine antibiotic: step by step mutation based on MD simulation approach. J Biomol Struct Dyn, 2020: p. 1-9.
4. 毕业设计（论文）计划
2月中旬-3月中旬：文献检索、软件教程学习3月中旬--5月中旬：数据准备，设计计算、表征计算。
5月中旬--六月上旬：论文写作
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