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1. 毕业设计（论文）的内容和要求
1. 熟悉gromacs模拟程序（完成训练模拟教程）2. 对spytag/spycatcher环化的lichenase/luciferase系统进行若干分子动力学模拟，分析环化引起的蛋白质-蛋白质界面互作。
3. 引入若干典型界面突变（更改蛋白质互作），分析突变对动力学参数的影响。
4. 分析界面突变对提高酶热稳的效应
2. 实验内容和要求
1. 学习使用 gromacs 分子力场模拟系统。
2. 学习使用 vmd 等 分子结构分析工具。
3. 结合动力学参数扰动分析和结构表征，构建界面氨基酸突变热稳增效模型。
3. 参考文献
1. Schoene C, Bennett S P, Howarth M. SpyRings Declassified: A Blueprint for Using Isopeptide-Mediated Cyclization to Enhance Enzyme Thermal Resilience[J]. Methods Enzymol, 2016, 580: 149-67.2. Wang Y, Chang Y, Jia R, et al. SpyTag/SpyCatcher cyclization and covalent immobilization in enhancing cephalosporin C acylase stability[J]. Process Biochemistry, 2020, 95: 260-268.3. Wang J, Wang Y, Wang X, et al. Enhanced thermal stability of lichenase from Bacillus subtilis 168 by SpyTag/SpyCatcher-mediated spontaneous cyclization[J]. Biotechnol Biofuels, 2016, 9: 79.4. Xu Q, Ming D, Shi C, et al. Catcher/Tag cyclization introduces electrostatic interaction mediated protein-protein interactions to enhance the thermostability of luciferase[J]. Process Biochemistry, 2019, 80: 64-71.5. Keeble A H, Turkki P, Stokes S, et al. Approaching infinite affinity through engineering of peptide-protein interaction[J]. Proc Natl Acad Sci U S A, 2019.
4. 毕业设计（论文）计划
2月中旬-3月中旬：文献检索、gromacs 教程学习3月中旬--5月中旬：lichenase/luciferase环化体系，模拟计算，建模5月中旬--六月上旬：论文写作
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