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1. 毕业设计（论文）主要内容：
不管用哪种基因测序仪，都是先将从细胞提取的DNA用超声波等手段切为较小的片断，再使用测序仪对各个片断进行测序。从多个细胞提取出来的含有相同基因的DNA，其被打断的位置是随机的，而通过对测序仪所输出的字符串重复部分进行查找和组合，就可以复原出完整的DNA序列。
然而，拼接的过程在本质上是一个大量字符串处理的过程，其计算负荷极大。以人类基因组组装为例，在2014年需要消耗50万个CPU小时，只能在超大计算机集群上进行。这种情况下，同时对大量个体进行组装分析是难以想象的。但现实是，以全基因组组装方式对群体进行测序分析已经成为生物医学研究的趋势。因此，如何优化基因序列组装的时间，是一个重要的研究课题。
本毕业设计将基于FPGA硬件平台，通过设计硬件加速器，将基因组装算法用硬件电路实现，并利用计算机系统结构等设计技术，进一步提升电路加速性能，从而达到大大缩减基因组装计算时间的目标。
2. 毕业设计（论文）主要任务及要求
1. 阅读15篇相关文献（不少于3篇外文文献），并每篇书写200~300字文献摘要（装订成册，带封面）；
2.认真填写周记，完成至少1500字幵题报吉（“设计的目的及意义”至少800汉字；“基本内容和技术方案”至少400汉字；进度安排应尽可能详细；教指导教师意见应包含：学生的调研是否充分？基本内容和技术方案是否已明确？是否已经具备幵始设计（论文）的条件？能否达到预期的目标？是否同意进入设计（论文）阶段？）；
3. 毕业设计（论文）完成任务的计划与安排
2020/02/28：完成基础知识学习，并撰写开题报告。
2020/03/15：提出设计方案，并完成方案验证。
2020/04/15：提出技术路线，并完成技术实现。
4. 主要参考文献
Turakhia, Y., Bejerano, G., Dally, W. J. (2018, March). Darwin: A genomics co-processor provides up to 15,000 x acceleration on long read assembly. InACM SIGPLAN Notices(Vol. 53, No. 2, pp. 199-213). ACM.
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