基于Smith–Waterman的局部序列比对任务书

 2022-02-22 19:48:01

1. 毕业设计（论文）的内容、要求、设计方案、规划等

实现smith-waterman算法的开发与设计，论文前言内容完善，系统功能合理，完整实现系统目标功能，运行结果正确合理，数据分析正确。

2. 参考文献（不低于12篇）

1.张瑜.Smith-Waterman算法OpenMP并行化.自动化技术与应用.2010年01期 .2. 汪冬.Smith-Waterman算法在脉动阵列上的实现及分析.计算机学报.2004年01期 .3. 戴正华.基于SSE2的Smith-Waterman算法.计算机工程与应用.2006年11期.4. 李玉岗.基于HPM模型的Smith-Waterman算法并行优化.计算机工程.2007年01期.5. 杨烨.第二代测序序列比对方法综述.武汉大学学报(理学版).2012年05期 .6. 杨洁.生物序列比对算法的研究现状.中国科技信息 .2011年09期 .7. 吴德敏.双序列比对的算法研究.计算机工程与应用.2008年36期.8.Smith, Temple F.; and Waterman, Michael S. (1981). "Identification of Common Molecular Subsequences". Journal of Molecular Biology 147: 195197.9.Osamu Gotoh (1982). "An improved algorithm for matching biological sequences". Journal of molecular biology 162: 705.10.Stephen F. Altschul; and Bruce W. Erickson (1986). "Optimal sequence alignment using affine gap costs". Bulletin of Mathematical Biology 48: 603616.11.Miller, Webb and Myers, Eugene (1988). "Optimal alignments in linear space". Computer Applications in Biosciences (CABIOS) 4: 1117.12.Wozniak, Andrzej (1997). "Using video-oriented instructions to speed up sequence comparison" . Computer Applications in Biosciences (CABIOS) 13 (2): 14550.

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