植物细胞器基因组拼接算法研究与实践任务书

 2022-02-25 21:08:58

1. 毕业设计(论文)的内容、要求、设计方案、规划等

(1)目标序列捕获系统的构建。

首先根据对目标区域的覆盖程度设计并合成探针,再利用罗 氏的NimbleGen基因捕获芯片将簸箕柳DNA文库与设计好的探针进行杂交,杂交后通过洗脱得到杂交片段。

将富集的片段进行扩增,最后得到目标区域的富集序列文库,进而进行高通量测序。

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2. 参考文献(不低于12篇)

张同武, 植物细胞器基因组测序,组装及比较基因组学研究. 2012, 浙江大学. 丁茂华, 生物序列数据库相似性搜索算法研究[硕]. 2013, 扬州大学. 陈大春, 基于欧拉路径的并行DNA序列拼接[硕]. 2010, 哈尔滨工业大学. 张著英, 黄玉龙, and 王翰虎, 一个高效的KNN分类算法. 计算机科学, 2008. 35(3): p. 170-172. 周海廷, 机器学习与生物信息学. 信息与控制, 2003. 32(4): p. 352-357. 王淑琴, 机器学习方法及其在生物信息学领域中的应用[硕]. 2009, 吉林大学. 孙晓斐, 基因组序列de novo拼接系统的设计与实现[硕]. 2014, 哈尔滨工业大学. 潘登, KNN算法的相似度研究[硕]. 2014, 东北师范大学. 孙明辉, 基于第二代测序技术的小片段组装系统[硕]. 2011, 吉林大学. 江育娥, 黄伟, and 林劼, 下一代测序纠错方法综述. 北京工业大学学报, 2016(3). 刘振波, DNA测序技术比较. 生物学通报, 2012. 47(7): p. 14-17. 杨悦, et al., 第三代DNA测序及其相关生物信息学技术发展概况. 食品研究与开发, 2015(10): p. 143-148. 张孝飞 and 黄河燕, 一种采用聚类技术改进的KNN文本分类方法. 模式识别与人工智能, 2009. 22(6): p. 936-940. Botstein D, Risch N. Discovering genotypes underlying human phenotypes: past successes for mendelian disease, future approaches for complex disease [J]. Nature Genetics, 2003, 33(3): 228-237. Garber K. Fixing the front end [J]. Nature Biotechnology, 2008, 26: 1101-1104. Turner E H, Ng S B, Nickerson D A, et a1. Methods for Genomic Partitioning [J]. Annual Review of Genomics and Human Genetics, 2009, 10: 263-284. Weber, J.L. and E.W. Myers, Human whole-genome shotgun sequencing. Genome Research, 1997. 7(5): p. 401-9. Maxam, A.M. and W. Gilbert, New method for sequencing DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences, 1977. 74(2): p. 560-4.

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