1. 毕业设计（论文）的内容、要求、设计方案、规划等
HMMER是一套用于统计、分析和搜寻相似序列的生物信息学工具，其使用的是隐马尔可夫模型，由Sean Eddy(Washington University School of Medicine)开发，并可免费下载使用。
它与其它序列比对软件的最大区别是使用序列的保守区域（可以由一系列序列比对后分析得到）来进一步搜寻与其相似的序列，从而对序列功能的预测提供更加详尽的报告。
目前的版本是HMMER 3.0，其中的hmmpfam程序更新为hmmscan。
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2. 参考文献（不低于12篇）
1. 都志辉.高性能计算并行编程技术:MPI并行程序设计. 北京:清华大学出版社. 2001
2. http://hmmer.janelia.org/
3. (美)Richard Petersen著, 龙继文, 张思宇等译. Ubuntu完全手册. 北京:电子工业出版社,2009
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