1. 毕业设计(论文)主要内容:
高通量测序技术的发展对生物医学研究产生了重大影响,使得生物医学研究从试验驱动转变为数据驱动,然而海量的数据分析任务也为高通量技术广泛应用带来了新的挑战。一台高通量测序仪一次运行可以测量600个人的全基因组信息,数据量达到1.8TB。目前常用的数据分析软件在8核CPU的服务器上处理这些数据需要10天左右的时间,无法满足实际应用需求。
由于散热技术和硬件生产技术无法满足提高处理器频率对功耗的设计要求,现代处理器的频率近似停滞。为了提供更高性能的处理器,处理器硬件生产商通过增加寄存器的宽度和指令的宽度来同时处理多个数据,这称为向量化。多核和向量化的出现提升了处理器的执行能力。通过稍微降低频率,现在的散热技术能够满足处理器对功耗的需求。今天的绝大多数处理器,如X86多核CPU、ARM多核CPU、GPU及DSP等,都已经是多核向量处理器。多核和向量化的出现满足了应用对计算能力的需求。
我们研究的目标是充分利用CPU多核和向量化的特点,提高高通量数据分析软件的处理效率。
2. 毕业设计(论文)主要任务及要求
1.查阅15篇相关文献(含近五年外文3篇),并每篇书写200—300字文献摘要(装订成册,带封面);2.认真填写周记,完成800字开题报告;3.完成5000中文字以上的相关英文专业文献翻译,并装订成册(中英文一起,带封面);4.完成系统的编码与调试;5.完成10000字以上的毕业论文;6.进行论文答辩。
3. 毕业设计(论文)完成任务的计划与安排
(1)2016/1/11—2016/1/22:查阅参考文献,明确选题;(2)2016/1/23—2016/3/7:进一步阅读文献,并分析和总结;确定技术路线,完成并提交开题报告;(3)2016/3/8—2016/4/26:需求分析,算法或系统设计,分析、比较或实现等;(4)2016/4/27—2016/5/27:撰写论文初稿;修改论文,定稿并提交论文评审;(5)2016/5/28—2016/6/7:准备论文答辩。
4. 主要参考文献
[1]并行编程方法与优化实践, 刘文志,机械工业出版社
[2] "About the OpenMP ARB and". OpenMP.org. 2013-07-11. Retrieved 2013-08-14.
[3] "OpenMP Compilers". OpenMP.org. 2013-04-10. Retrieved 2013-08-14.
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